乳児発症型では肥大型心筋症および心不全を呈します。

乳児発症型・遅発型の両方において筋力低下や呼吸不全が見られ、肝脾腫や巨舌などの症状も共通します。
ただし、症状の重篤度や発症時期には差があり、乳児発症型は遅発型よりも重症かつ生命に関わることが多いです。

乳児発症型の特徴

• 生まれてすぐの筋緊張低下（低緊張）
• 腱反射低下または消失
• 関節拘縮や脊柱の変形（反り腰、側弯症）
• 肺炎や上気道感染症
• 呼吸不全
• 肥大型心筋症
• うっ血性心不全
• 心伝導障害

遅発型の特徴

• 進行性の四肢帯筋の筋力低下、続いて横隔膜や呼吸補助筋の障害
• 腱反射低下
• 歩行障害
• 筋痛やこむら返り
• 筋萎縮
• 労作時呼吸困難
• 起坐呼吸
• 睡眠時無呼吸
• 頻繁な呼吸器感染症

血液生化学検査では、クレアチンキナーゼ（CK）、トランスアミナーゼ、乳酸脱水素酵素（LDH）の上昇が見られますが、特異的ではありません。
乾燥濾紙血滴（DBS）を用いたα-グルコシダーゼ活性測定が診断に不可欠であり、GAA遺伝子のシークエンス解析による確定診断が行われます。
筋MRIや胸部X線検査、特に心エコー検査は心臓異常の検出に有用です。

現在ポンペ病の根治療法はありません。
酵素補充療法（ERT）は画期的な治療法であり、標準治療として用いられています。ERTにより患者のQOLは改善されますが、抗体産生成により効果が減弱することもあります。

最も深刻な合併症は進行性筋力低下による呼吸不全であり、最終的には死に至ることがあります。
その他、発達遅延、摂食障害、誤嚥性肺炎、難聴などの合併症も報告されています。
乳児発症型ポンペ病は治療がなければ生命予後は極めて不良で、多くは1歳まで生存できません。