La forma clásica de la enfermedad se presenta con miocardiopatía hipertrófica e insuficiencia cardíaca.
Tanto la forma de inicio infantil como la de inicio tardío pueden manifestarse con debilidad muscular e insuficiencia respiratoria. Otros signos clínicos compartidos pueden incluir hepatomegalia, esplenomegalia y macroglosia.
Sin embargo, la gravedad y la edad de aparición de estos síntomas varían entre ambas formas, siendo la forma de inicio infantil más severa y potencialmente mortal que la de inicio tardío.

Enfermedad de Pompe de inicio infantil (IOPD):
Este tipo puede manifestarse desde los primeros días de vida y se caracteriza por:
Hipotonía desde el nacimiento.
Hiporreflexia o arreflexia.
Contracturas y deformidades articulares, como lordosis y escoliosis.
Neumonía e infecciones de las vías respiratorias superiores.
Insuficiencia respiratoria.
Miocardiopatía hipertrófica.
Insuficiencia cardíaca congestiva.
Trastornos de la conducción cardíaca.

Enfermedad de Pompe de inicio tardío (LOPD):
Este tipo se caracteriza por:
Debilidad progresiva de la cintura pélvica y escapular, seguida por el diafragma y los músculos respiratorios accesorios.
Hiporreflexia.
Trastornos de la marcha.
Mialgias y calambres.
Amiotrofia.
Disnea al esfuerzo.
Ortopnea.
Apnea del sueño.
Infecciones respiratorias frecuentes.

El análisis de la bioquímica sanguínea puede aportar información importante para el diagnóstico de la enfermedad de Pompe, ya que niveles elevados de creatina quinasa (CK), transaminasas y lactato deshidrogenasa (LDH) son indicadores sensibles, aunque no específicos.
La medición de la actividad de la enzima alfa-glucosidasa (GAA) en muestras de sangre seca es fundamental para el diagnóstico, acompañada de pruebas confirmatorias como la secuenciación del gen GAA.
Las pruebas de imagen, como la resonancia magnética muscular y la radiografía de tórax, pueden proporcionar información valiosa, mientras que la ecocardiografía es especialmente útil para detectar anomalías cardíacas.

Actualmente, no existe una cura para la enfermedad de Pompe. La terapia de reemplazo enzimático (ERT) ha representado un avance terapéutico importante y es el tratamiento de elección.
Se ha demostrado que la ERT mejora la calidad de vida de los pacientes; sin embargo, sus beneficios pueden verse reducidos por la formación de anticuerpos contra la enzima administrada.

La complicación más grave de la enfermedad de Pompe es la debilidad muscular progresiva, que puede llevar a insuficiencia respiratoria y, en última instancia, a la muerte.
Otras posibles complicaciones incluyen:

• Retrasos en el desarrollo
• Dificultades para alimentarse
• Neumonía por aspiración
• Pérdida auditiva

Sin tratamiento, la forma infantil de la enfermedad de Pompe puede ser potencialmente mortal, y muchos lactantes no sobreviven más allá del primer año de vida.